Nejvyšší kontrolní úřad se v jedné ze svých kontrol zaměřil na to, jakým způsobem hospodařil v letech 2011 až 2014 Státní fond dopravní infrastruktury (SFDI) se státními penězi a majetkem. Kontroloři prověřili, jak SFDI například nakupoval kancelářské potřeby, jakým způsobem provozoval služební vozy nebo jak postupoval při nákupu služeb. Odhaleny byly závažné nedostatky u konzultačních, právních a poradenských služeb, za které SFDI zaplatil více než 3,5 milionu korun.
Poskytovatele těchto právních a poradenských služeb podle NKÚ většinou vybral SFDI přímo, bez posouzení více nabídek. SFDI například zaplatil 300 000 korun soukromé společnosti za kontroly zadávacích řízení. Z dokumentů ale nelze určit podíl práce firmy a vlastního zaměstnance SFDI, který se kontroly také účastnil. Faktury za tuto službu obsahovaly jen část rozpisu firmou vykonané práce, přestože firma měla doložit kompletní rozpis skutečně vykonané práce. Kontroly veřejných zakázek navíc spadají do běžných činností SFDI, tudíž je podle NKÚ měl fond vykonávat sám.
SFDI podle NKÚ také například zaplatil více než půl milionu korun soukromé společnosti za kontroly, které u Správy železniční a dopravní cesty prověřily dodržování zákona o veřejných zakázkách při jejich zadávání. Na tyto konkrétní zakázky se přitom vztahovala výjimka z tohoto zákona. Kontrola jednoho zadávacího řízení stála necelých 23 000 korun, což je zhruba dvojnásobek oproti podobným kontrolám, které prováděla stejná firma u Ředitelství silnic a dálnic. Ani v tomto případě není možné určit podíl práce této firmy a zaměstnanců SFDI. Kontrolu měl navíc podle NKÚ opět provést SFDI.
SFDI v rámci projektů přiděloval také příspěvky na nové technologie, a to v celkové výši 244 milionů korun. Přínos nových technologií však SFDI podle NKÚ nemohl vyhodnotit, protože ho sledoval pouze prostřednictvím závěrečných vyhodnocení, které předkládali sami příjemci příspěvků. SFDI neurčil, aby příjemci uváděli přínosy projektů konkrétně, například hodnotou, o kterou se díky nové technologii snížil hluk v okolí silnice. Ti pak popisovali přínosy nových technologií jen obecně, a to tak, že se například „zlepšily“ podmínky v dané oblasti.