Akademie věd je mimo jiné významným investorem. Za posledních šest let schválila Akademie věd stavební investice za 2,6 miliardy korun a nákup nákladných přístrojů za dalších 398 milionů korun. AV a výzkumné instituce ovšem podle zjištění NKÚ často nedodržovaly pravidla pro poskytování dotací. Tato pravidla navíc nebyla v některých oblastech ani dostačující.
Nejvyšší kontrolní úřad se při své kontrole zaměřil na to, jak Akademie věd České republiky (AV) a jí zřízené veřejné výzkumné instituce investovaly v letech 2008 až 2013 do výstavby, nákladných oprav a údržby a nákupu drahých přístrojů. Kontroloři v rámci kontroly u čtyř výzkumných institucí prověřili 108 konkrétních stavebních akcí a sedm nákupů přístrojů za celkem 578 milionů korun.
Jednotlivá pracoviště měla vypracovat jako podklad pro rozhodování o přidělení dotace koncepci svého stavebního rozvoje. Kontroloři zjistili, že ani jedno z kontrolovaných pracovišť tuto koncepci nevypracovalo. Pracoviště navíc opakovaně předkládala nekompletní žádosti o dotace. Na nízkou kvalitu žádostí přitom upozornila už v roce 2007 Ekonomická rada AV. Akademie věd přesto schválila dotace na některé akce, u nichž chyběla kompletní žádost.
Způsob posuzování žádostí o dotaci nebyl podle NKÚ dostatečně transparentní, navíc v některých letech nebyla Akademie věd schopná prokázat, jak je posuzovala. Žádosti hodnotila a doporučovala ke schválení Ekonomická rada AV ČR. Definitivně pak o podpoře jednotlivých akcí rozhodoval Akademický sněm AV.
Kontroloři zjistili, že v průběhu procesu schvalování dotací účastníci těchto jednání ze seznamu vyřazovali některé doporučené akce a jiné tam zase zařazovali. Například v roce 2011 Akademická rada AV takto z 90 projektů vyřadila 36 akcí a naopak 21 na seznam doplnila.
Poté co pracoviště stavební akci nebo její etapu dokončila, měla podle pravidel předložit zprávu o jejím ukončení, kolaudační rozhodnutí a přehled skutečných nákladů. Ani jedna z kontrolovaných výzkumných institucí to podle NKÚ neudělala. Akademie věd tak nedisponovala informacemi o tom, jestli příjemci dotací splnili podmínky pro jejich čerpání a zda proinvestovali poskytnuté peníze hospodárně a efektivně.
U výzkumných institucí se kontroloři podle zprávy NKÚ setkali i s dalšími nedostatky. Chybovalo se zejména při zadávaní veřejných zakázek, když se například zahájila stavba ještě před ukončením soutěže nebo se nevyloučily nabídky uchazečů, kteří neměli požadovanou kvalifikaci či nesplnili zadávací podmínky.
Příjemci dotací podle NKÚ porušili také stavební zákon a navíc nedodržovali smlouvy s dodavateli, když po nich například nevymáhali pokuty za pozdní dokončení a předání stavby. U 15 ze 108 zkontrolovaných stavebních akcí příjemci dotací neuchovali úplnou dokumentaci. Kontroloři tak podle zprávy nemohli posoudit, jestli pracoviště postupovala při výběru dodavatelů v souladu se zákonem o veřejných zakázkách.
