Nejvyšší kontrolní úřad se v uplynulém období zaměřil mimo jiné na operační program Rybářství 2007–2013. Prověřil 33 projektů za celkem 128,5 milionu korun. Kontroloři našli porušení rozpočtové kázně za víc než 2 miliony Kč. NKÚ se zabýval také tím, jak Ministerstvo zemědělství a Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) program řídily, jak dotace poskytovaly a jak celý proces kontrolovaly. Velký trabl pak NKÚ odhalil u 178milionového projektu Ryba domácí, kde šlo patrně o prosté plýtvání penězi daňových poplatníků.
Podle NKÚ Česká republika sice necelou miliardu korun alokovanou v operačním programu Rybářství 2007–2013 pravděpodobně stihne vyčerpat, nepodaří se ale naplnit dva ze tří hlavních cílů programu. Ostatně kritéria pro posouzení jejich naplňování ministerstvo v některých případech vůbec nenastavilo, v jiných je nastavilo špatně, takže se podle nich naplňování cílů nedá smysluplně vyhodnotit.
Nedostatky kontroloři odhalili i ve výběru projektů a jejich kontrole. Ministerstvo při výběru projektů nezohledňovalo jejich kvalitu, hospodárnost a efektivnost. V minimálně 25 případech šly prý dotace na projekty, které při hodnocení dostaly nula bodů. Kontroly, které měl na starosti SZIF, navíc neodhalily nezpůsobilé výdaje, které vůbec neměly být proplaceny.
Co se kontroly konkrétních projektů týče, největší problémy našli kontroloři u finančně nejvýznamnějšího projektu Ryba domácí, v němž ministerstvo figurovalo zároveň jako příjemce dotace. Od svého vzniku stál 178 milionů korun. NKÚ zkontroloval výdaje za 52,5 milionu korun a našel porušení rozpočtové kázně ve výši 1,8 milionu korun. Tento projekt s jediným dodavatelem měl díky reklamní kampani zvýšit spotřebu sladkovodních ryb. Podle Českého statistického úřadu jejich spotřeba na hlavu ale od roku 2009 klesá.
Lze samozřejmě namítnout, že bez projektu by mohla klesat ještě více, nicméně jeví se to jako nepravděpodobné. Blíže pravdě bude spíše předpoklad, že ministerstvo prostě, řečeno velmi mírně, velmi nehospodárně naložilo s poměrně velkým objemem financí.
Ministerstvo v rámci projektu Ryba domácí proplatilo za „péči o brand“ 1,5 milionu korun pouze na základě písemného prohlášení dodavatele, že tuto službu poskytuje, tedy bez jakéhokoli prokázaného plnění. V rámci „PR realizace“ ministerstvo zase zaplatilo 277 tisíc korun za sběr zpráv z tisku, televize a internetu. Články a reportáže pojednávaly o úpravě ryb a rybách obecně a v drtivé většině se projektu Ryba domácí vůbec netýkaly, ani nemohly sloužit k rozvoji PR kampaně.
Deset měsíců ministerstvo financovalo krizovou infolinku pro případ poplašných zpráv o závadném rybím mase. Linku ale podle NKÚ téměř nikdo nevyužíval, takže cena jednoho hovoru se při rozpočítání nákladů vyšplhala v roce 2008 na skoro 9 tisíc korun. Ministerstvo v rámci projektu Ryba domácí taky zaplatilo 13 propagačních akcí včetně kuchařské show a 39 menších akcí při výlovech rybníků. Jen najaté kuchařské vybavení vyšlo na 300 tisíc korun, výroba a oprava několika kol štěstí, na kterých si návštěvníci mohli vytočit drobné dárky, pak na dalších 360 tisíc korun.
NKÚ na řadu zmíněných nedostatků upozornil už v roce 2010, Ministerstvo zemědělství přesto od té doby neučinilo odpovídající kroky k nápravě. NKÚ proto varuje před opakováním podobných chyb při tvorbě pravidel pro navazující operační program v programovém období 2014–2020.
