Nejvyšší kontrolní úřad se zaměřil na správu daně z příjmů fyzických osob v letech 2012 až 2015. Kontroloři prověřili, jestli správci daně postupovali při její správě podle zákona či jaké byly dopady legislativních změn týkajících se této daně na státní rozpočet. Kontrola ukázala, že zákon o daních z příjmů se postupně stává stále více nepřehledným, je složitý a obsahuje řadu výjimek, což komplikuje správu daně, zvyšuje administrativní zátěž těm, kteří daně odvádějí i spravují, a nepřispívá efektivitě výběru daně z příjmů fyzických osob. Ministerstvo financí se závěry NKÚ zcela souhlasí.
Na náročnost správy daně mělo negativní dopad celkové množství odpočitatelných položek a slev na dani a jejich rozšiřování nebo naopak rušení. Časté legislativní změny se podepsaly i na nepřesných odhadech každoročních příjmů státního rozpočtu. Jen v kontrolovaném období byla zavedena například nová sleva na dani, progrese daňového zvýhodnění podle počtu dětí, solidární zvýšení daně pro osoby s vysokými příjmy nebo se měnily podmínky pro vykazování daňového základu. Odhady příjmů z této daně se celkově lišily až o více než šest procent oproti skutečným příjmům.
Jak se zavedené jednotlivé změny zdanění příjmů fyzických osob a jejich průběžné úpravy promítly do státního rozpočtu, to už Ministerstvo financí neanalyzovalo. K dispozici sice mělo údaje z daňových přiznání, ty se ale nezpracovávají způsobem, který by umožnil rozpoznat reálný dopad jednotlivých změn na rozpočet. Při návrzích změn přitom resort uváděl odhady toho, jak změny ovlivní státní rozpočet. S ohledem na to, že takové úpravy se mohou dotýkat až zhruba čtyř a půl milionu fyzických osob a více než 350 tisíc zaměstnavatelů a každá další úprava může dále zvyšovat administrativní zátěž, bylo by vhodné vliv jednotlivých změn vyhodnocovat.
Jednou z dalších zavedených změn byla také povinnost podávat od roku 2015 daňová přiznání k dani z příjmů fyzických osob a vyúčtování daně elektronicky, pokud ti, kteří daně odvádějí, mají zřízenou datovou schránku. Pro zpracování takových podání se využívá automatizovaný daňový informační systém (ADIS), který ale neumí odeslat automaticky zprávu o odmítnutí podání. Že je potřeba opravit toto podání musel sdělovat pracovník finanční správy. Na vzorku 141 odmítnutých podání kontroloři zjistili, že v osmi případech finanční úřady nevyzvaly osobu, aby podání opravila, ale rovnou jí uložily pokutu, čímž porušily zákon. Pokud by systém odpovídal automaticky, snížilo by se riziko takových chyb. Tato praxe navíc zvyšuje administrativní zátěž a odporuje principům elektronizace veřejné správy, díky které se má dosáhnout snížení nákladů a lepší komunikace veřejnosti s úřady. Tuto funkci Generální finanční ředitelství nezavedlo, přitom jen v roce 2015 evidovalo už přes 400 tisíc podání odeslaných přes datovou schránku.
Kontroloři se také zabývali efektivitou výběru daně z příjmů fyzických osob. V roce 2015 se na této dani za jednu korunu výdajů vybralo 156 korun příjmů. V průměru se v České republice na všech daních spravovaných finanční správou vybralo za jednu korunu výdajů 73 korun příjmů. Míra efektivity výběru daně z příjmů fyzických osob je dána hlavně tím, že značná část povinností je přenesena na zaměstnavatele. Kdyby všechny tyto povinnosti musel plnit stát, stálo by ho to podle odhadu NKÚ zhruba 950 milionů korun ročně.
Ministerstvo financí zcela souhlasí se závěry NKÚ, že stávající systém daně z příjmů je nepřehledný a složitý. Náročnost správy daně zvyšuje velké množství odpočitatelných položek a slev na dani a jejich rozšiřování nebo naopak rušení. Proto MF v současné době připravuje zcela nový zákon o daních z příjmů, který bude jednoduchý a odolnější proti negativním dopadům častého zavádění daňových výjimek. Nedílnou součástí nového konceptu bude tzv. katalog parametrů, který bude obsahovat přehled všech daňových výjimek včetně kvantifikace jejich dopadů na příjmy z této daně, čímž bude zároveň vyhověno dalším požadavkům NKÚ.
Na druhé straně Ministerstvo financí nesouhlasí s tvrzením NKÚ ve věci nepřesných odhadů výběru daní z příjmů v důsledku častých legislativních změn. Toto tvrzení podle něj nemá oporu v Kontrolním protokolu. "Uváděné odchylky se týkaly zejména důsledků realizace nálezu Ústavního soudu, kterým bylo umožněno zpětné uplatnění základní slevy na dani zaměstnaným důchodcům či realizace nálezu Ústavního soudu ve věci zrušení zdanění státních příspěvků na stavební spoření. Nepřesné je i tvrzení týkající se absence analýzy daňových změn. Tyto jsou ve skutečnosti pravidelně prováděny, o čemž je možné se přesvědčit například v dokumentu Zpráva o daňových úlevách v ČR za roky 2011 – 2015," uvádí zpráva MF ČR.
"Pokud jde o samotný výkon správy daní z příjmů, sama tisková zpráva uvádí, že kontrola NKÚ byla zaměřena na prověření, zda správce daně postupuje podle zákona. Proto musí Finanční správa reagovat na tvrzení týkající se Automatizovaného daňového informačního systému (ADIS). Je-li totiž ze strany poplatníka elektronicky podáno daňové přiznání v chybném formátu nebo struktuře, je zákonnou povinností správce daně na takovéto podání v každém konkrétním případě reagovat rozhodnutím a nikoliv zprávou o odmítnutí podání. Tímto rozhodnutím je výzva k odstranění vad podání (dle § 74 daňového řádu), která je v systému ADIS zapracována a správci daně ji standardně využívají. Zjištěné pochybení v počtu osmi nezaslaných výzev proto není systémovým pochybením, ale jde o individuální chybu člověka, která je napravitelná možností podat odvolání proti rozhodnutí o pokutě," uvádí stanovisko MF ČR.
Aby se poplatník zcela vyvaroval podání ve špatném formátu nebo struktuře, doporučuje Finanční správa činit elektronická podání prostřednictvím aplikace EPO na daneelektronicky.cz, která před odesláním zkontroluje správnost formátu a struktury podání, čímž je zajištěno, že podání je plně zpracovatelné.
Finanční správa v současné době připravuje nový IT systém pro správu daní a také portál MOJE daně s cílem využít potenciál moderních technologií pro celkové zjednodušení správy daní. Nové systémy umožní správci daně efektivněji pracovat s dostupnými daty a pro veřejnost přinesou například institut předvyplněných daňových přiznání a další zjednodušení komunikace s finančním úřadem.
